صدرت بتاريخ 14\9\2000  موافقة وزارة التعليم العالي والبحث العلمي بموجب إحكام المادة ( (38من قانون الجامعات والكليات الأهلية رقم 13 لسنة 1996 والمعدل بالقانون رقم 57 لسنة 2002 على إنشاء كلية بغداد للعلوم الطبية وتمتاز الكلية بأنها مؤسسة علمية خاصة ذات نفع عام ولها شخصية معنوية واستقلال مالي وأداري تتمتع بجميع الحقوق والامتيازات المنصوص عليها في القانون كما تخضع الكلية للإشراف العلمي والتربوي من قبل وزارة التعليم العالي والبحث العلمي والكلية مؤسسة من قبل نقابة صيادلة العراق.

يهدف القسم إلى تطوير التعليم الصيدلاني بما يؤمن توظيف العلوم الصيدلانية لخدمة المجتمع من خلال إعداد كوادر صيدلانية متعددة المواهب ومؤهلة مهنيا وعلميا بما يساعد في تطوير وتنمية المجتمع. مدة الدراسة في قسم الصيدلة لا تقل عن خمس سنوات للحصول على درجة بكالوريوس علوم صيدلة من ضمنها التدريب العملي في المستشفيات والمؤسسات الصحية والصيدليات الأهلية.